长江流域重点生态功能区的生态建设影响全流域的生态安全，国家对这些生态重点区域设置了一系列限制开发政策，这也对当地处于贫困线下的居民提出了更高的脱贫要求，而生态补偿可能给予因“生态贫困”而致贫的当地居民有效的脱贫帮助。本文通过演化博弈模型探讨长江流域上下游生态功能区生态补偿合作机制，以上游（保护，不保护）、下游（补偿、不补偿）为策略建立演化博弈矩阵，分4种情况对上游-下游混合博弈稳定策略进行讨论，最后得出（上游保护,下游补偿）为最优稳定策略，对其中该稳定策略中各因素关于演化方向的影响进行探讨。长江流域精准补偿机制的合作趋势的概率主要受上游生态保护综合成本、上游生态保护综合收益、下游补偿额度、上游开发收益、上游赔偿额度、对上游惩罚力度以及下游惩罚力度7个参数影响，其中上游生态保护综合成本、下游补偿额度以及上游赔偿额度为重要影响因素。上游降低生态保护综合成本，中央政府适当降低下游补偿额度、提高上游赔偿额度，同时控制惩罚额度能够提高生态补偿合作概率。